小孩脑炎后睡觉时出现不自主抖动可能是由炎症导致的大脑功能障碍所致。

脑炎是由病毒、细菌或其他病原体侵入大脑引起的炎症性疾病，可导致大脑组织水肿和颅内压增高。在睡眠状态下，随着呼吸节律的变化，颅内压力会发生周期性的变化，进而影响脑部血液循环，使血液供应不足，此时大脑缺氧就会产生痉挛，表现为肢体抽搐。

如果小孩还伴有发热、头痛、呕吐等症状，则可能为脑膜炎或脑炎的表现。

因此，在儿童发生疑似脑炎症状时，应立即就医以评估病情严重程度，并接受适当治疗。