先天性巨结肠可以通过腹部X线平片、直肠指诊、肛门直肠测压、钡剂灌肠造影、内镜检查等进行诊断。如果症状或体征指向可能的巨结肠，建议寻求儿科消化科医生进一步评估。
1.腹部X线平片
通过观察结肠充气情况来判断是否存在巨结肠。
患者仰卧位躺在放射科检查床上，在医生指导下采取特定姿势使肠道处于理想位置后拍摄X光片。
2.直肠指诊
直肠指检可触及扩大的直肠和乙状结肠远端部分。医生会戴上一次性手套，在患者的排便反射下轻轻插入食指以感受肛门括约肌及周围组织的情况。
3.肛门直肠测压
肛门直肠测压能够显示正常神经控制下的节律性收缩波形，以及异常的静息压增高。将一根带有微小压力传感器的细管子插入肛门中记录压力变化。通常需要多次重复测量以获得准确结果。
4.钡剂灌肠造影
钡剂灌肠造影可以显示结肠梗阻部位及其形态学改变。在医生监督下服用一定量含有钡剂的液体或颗粒物后立即摄取前后位及侧位影像。
5.内镜检查
内镜检查时可以通过结肠镜直接观察到病变处有无狭窄、炎症等异常表现。在全身麻醉下将一柔软带有微型摄像头之纤维软管经由口腔进入消化道内部进行仔细观察。
以上各项检查均需空腹进行，以免影响结果准确性。先天性巨结肠应避免食用可能导致肠道积聚气体的食物，如豆类、洋葱等。
