羊水穿刺有一定的风险，但通常不会对胎儿产生长期影响。
羊水穿刺过程中，医务人员会使用一根细针穿过腹部进入子宫内抽取羊水样本，以评估胎儿的染色体和其他遗传疾病。虽然此操作可能存在感染、出血或其他并发症的风险，但这些风险通常是短期的，且经过经验丰富的医师操作，可以将风险降至较低。
极少数情况下，羊水穿刺可能导致早产或流产，概率约为0.1%~0.5%。
这是因为穿刺时可能引起子宫壁损伤或刺激导致宫缩。
进行羊水穿刺前应进行全面的身体检查，并告知医生任何既往手术史、药物过敏史等信息。术后需注意休息，观察是否有发热、腹痛等症状出现。
