妇科指检时肛门疼痛可能是由于阴道炎、宫颈炎、子宫内膜异位症、盆腔炎、肠道疾病等引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，以便获得准确诊断和适当治疗。
1.阴道炎
阴道炎是由各种原因导致的阴道微生态失衡，病原体侵袭所致。炎症因子刺激周围组织，引起局部疼痛、瘙痒等症状。患者可在医生指导下使用甲硝唑、氯霉素等药物进行治疗。
2.宫颈炎
宫颈炎是宫颈受到细菌感染引起的炎症反应，会导致宫颈充血水肿和分泌物增多，进而出现疼痛的情况。患者可遵医嘱服用阿奇霉素片、盐酸多西环素胶囊等抗生素类药物缓解不适症状。
3.子宫内膜异位症
子宫内膜异位症是指具有生长功能的子宫内膜组织出现在子宫腔与子宫肌层以外部位所引起的一种病变状态。由于异位的子宫内膜也会随着月经周期发生脱落出血的现象，所以会引起肛门疼痛的症状。患者通常需要通过腹腔镜手术的方式将病变组织直接摘除掉。
4.盆腔炎
盆腔炎为女性上生殖道感染性疾病，包括子宫内膜炎、输卵管炎、输卵管卵巢脓肿等，其发病与产后、宫腔手术后感染、经期卫生不良等因素有关。炎症可能会蔓延至邻近器官，从而诱发肛门疼痛的症状。患者应遵照医生的指导口服头孢克肟颗粒、头孢呋辛酯片等抗感染药物进行治疗。
5.肠道疾病
肠道疾病如溃疡性结肠炎、克罗恩病等，在炎症活动期时，炎症因子会刺激直肠周围的神经，导致肛门疼痛的发生。针对肠道疾病的治疗方法主要是控制炎症，减少症状发作频率，常用药物有美沙拉嗪肠溶片、奥沙拉秦钠胶囊等。
建议关注自身心理状态，减轻焦虑情绪，保持充足睡眠。必要时，可以进行相关实验室检查，例如阴道分泌物常规分析以及血常规检查，以辅助诊断并制定合适的治疗方案。
