感冒发烧腰疼的厉害可能是由流感病毒感染、链球菌感染、肾盂肾炎、腰椎间盘突出、腰肌劳损等疾病因素引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。

1.流感病毒感染

流感病毒感染导致免疫系统反应增强，产生炎症因子，这些因子可以刺激中枢神经系统，引起发热和全身不适。抗病毒药物如奥司他韦、扎那米韦等可用于治疗流感病毒感染。

2.链球菌感染

链球菌感染后，机体免疫系统会产生抗体，其中IgM类抗体可能与红细胞膜上的蛋白A发生交叉反应，出现溶血现象，进而诱发发烧、腰痛等症状。抗生素是主要治疗方法，常用药物有青霉素G、阿莫西林克拉维酸钾等。

3.肾盂肾炎

细菌侵入尿路并繁殖，会导致肾脏发炎。炎症会引起腰部疼痛以及全身感染的症状，包括发热。患者可在医生指导下使用头孢曲松钠、左氧氟沙星等抗生素进行治疗。

4.腰椎间盘突出

腰椎间盘突出时，髓核组织可能会压迫神经根，导致腰部剧烈疼痛并向下肢放射，同时伴有发热的情况。对于急性期发作的患者，建议卧床休息，配合服用非甾体抗炎药缓解疼痛，如布洛芬缓释胶囊、对乙酰氨基酚片等。

5.腰肌劳损

腰肌劳损是指腰部肌肉及其附着点筋膜或骨膜的慢性损伤性炎症，如果病情没有得到及时有效的治疗，可能会加重病情，从而引起腰部持续疼痛的现象，当炎症累及体温调节中枢时就会出现发热的症状。患者可遵医嘱使用双氯芬酸二乙胺乳胶剂、酮洛芬凝胶等外用止痛药物缓解疼痛，也可通过热敷促进血液循环，改善不适症状。

针对感冒发烧腰疼的症状，需要警惕多重感染的可能性，建议进行血液培养以评估是否存在其他潜在的病原体感染。此外，保持充足的水分摄入，避免过度活动，以免加重腰部负担。