肛门指检与肛门镜检均会存在一定的疼痛感，但程度较轻。
肛门指检过程中，由于手指进入肛门括约肌及肛管黏膜下层组织，会导致局部肌肉紧张，从而引发疼痛感。而肛门镜检则是在肛门部位进行插管操作，此时会对肛门造成机械刺激，进而诱发疼痛反应。两种检查均属于常规临床操作，可有效诊断多种疾病，因此不必过于担忧疼痛感。
如果患者曾经经历过外伤导致肛周神经损伤或患有痔疮等疾病，可能在进行肛门指检时感到更明显的不适或疼痛。
在接受肛门指检和肛门镜检前，应告知医生是否存在任何疼痛敏感或禁忌情况，并遵循医嘱选择合适的麻醉方式以减轻不适感。
