基质层角膜炎通常需要遵医嘱使用抗生素治疗，如妥布霉素滴眼液、盐酸环丙沙星滴眼液等；重症患者可考虑进行角膜移植手术。

基质层角膜炎是由微生物感染所致，因此需用抗生素治疗以消除感染。

角膜移植是针对严重角膜病变的一种手术方式，旨在移除受损角膜组织，恢复光学透明度和功能。

如果患者的病情比较轻微，则可以先不用药物进行干预治疗，而是通过保持眼部卫生的方式预防感染的发生。

在角膜炎的诊治过程中，应避免接触可能引起交叉感染的因素，同时注意个人卫生，以免加重病情或引发并发症。