慢性肠胃炎的治疗可能需要使用双歧杆菌、乳酸菌素、枯草杆菌等益生菌制剂来改善肠道菌群平衡，或通过口服山莨菪碱、阿托品缓解症状。但慢性肠胃炎的治疗需个体化，建议在医生指导下使用药物，避免自行滥用药物造成不良后果。

1.双歧杆菌

双歧杆菌适用于肠道菌群失调引起的腹泻、腹胀。该药物能够抑制有害细菌的生长，促进有益菌繁殖，恢复肠道微生态平衡。服用时应摇匀，且不宜与抗菌药同时使用。

2.乳酸菌素

乳酸菌素对于消化不良、肠功能紊乱等引起的慢性肠胃炎有治疗效果。本品能促进胃液分泌，增强食欲和消化功能。哺乳期妇女及糖尿病患者应在医师指导下使用。

3.枯草杆菌

枯草杆菌适用于因敏感菌株引起的肠炎、小儿腹泻等症状。此药物可直接在肠道内繁殖，抑制致病菌，调整肠道菌群，达到治疗目的。对本品过敏者禁用。

4.山莨菪碱

山莨菪碱用于解除平滑肌痉挛，胃肠绞痛、胆道痉挛以及有机磷中毒解救。本品具有阻断M-胆碱受体的作用，从而缓解疼痛。严重心脏病、器质性幽门狭窄、前列腺肥大排尿困难者禁用。

5.阿托品

阿托品可用于胃肠绞痛、急性有机磷农药中毒等引起的恶心呕吐。本品能阻断节后胆碱能神经通路，对抗乙酰胆碱效应，使平滑肌松弛而止呕。青光眼、前列腺增生所致排尿困难患者慎用。

针对慢性肠胃炎，患者可在医生指导下口服蒙脱石散进行治疗，其可以吸附消化道内的各种病毒、细菌及其产生的毒素，保护胃肠黏膜。