电子肛肠镜不能替代肛门指检。

电子肛肠镜虽然可以提供更详细的肛门及直肠内部信息，但其视野有限且无法触及肛门周围区域。而肛门指检则可通过手指直接接触肛门及其周围组织，探测肛门括约肌功能及触痛点等情况，两者各有优势，不可互相替代。在临床上，对于肛门及直肠疾病的诊断通常需要综合运用这两种检查方法，确保全面准确地评估病情。

如果患者有痔疮、肛裂等疾病，在做电子肛肠镜时可能会出现疼痛感。因为上述疾病会导致局部黏膜充血水肿或形成溃疡面，当使用医疗器械对病变部位进行观察时，会刺激受损的黏膜，从而引起不同程度的疼痛。

在进行电子肛肠镜检查前，应避免摄入含纤维素丰富的食物，以免影响肠道清洁度；而在进行肛门指检时，应告知医生任何不适感，并配合完成整个过程。