月经期健身可能导致身体应激、内分泌紊乱及免疫功能降低，进而影响生育能力。
月经期进行高强度运动可能导致身体产生应激反应，促使肾上腺皮质激素水平升高，这些激素具有抗利尿作用，会抑制下丘脑促性腺激素释放激素的合成与释放，间接地抑制垂体前叶促黄体生成素的分泌，使卵泡不能发育成熟，卵子不能正常排出，从而影响受孕。另外，月经期女性免疫力较低，此时健身易诱发感染，如阴道炎等疾病，也会影响生育能力。
月经期健身导致不孕不育还可能与其他因素有关，比如遗传因素、生殖系统结构异常或患有代谢性疾病等。如果排除上述原因后仍然存在不孕不育的问题，则需要考虑是否存在月经期健身引起的并发症。
针对月经期的特殊生理状态，建议采取温和适度的运动方式，避免剧烈运动以及使用冷刺激性的环境，以免引起痛经、子宫内膜异位症等不良后果。
