牙龈萎缩引起的牙齿酸痛可以考虑使用多西环素、阿莫西林、甲硝唑、米诺环素、奥硝唑等药物进行治疗。但是牙龈萎缩是一种慢性疾病，建议及时就医以便获得专业的诊断和治疗。

1.多西环素

多西环素可用于治疗由细菌感染引起的牙周炎、牙龈炎等疾病。该药物能抑制细菌的生长和繁殖。服用时需注意肝肾功能异常患者应慎用，同时避免与其他肝毒性药物合用。

2.阿莫西林

阿莫西林适用于敏感菌株所引起的轻度至中度感染，如牙龈炎、扁桃体炎等。此药具有广谱抗菌活性，可有效控制细菌感染。使用本品前需进行青霉素皮试，哺乳期妇女及过敏体质者慎用。

3.甲硝唑

甲硝唑可以用于厌氧菌感染导致的牙龈炎、牙周炎等引起的牙龈萎缩、牙齿酸痛的情况。甲硝唑能够破坏细菌的DNA结构，从而起到抑菌的作用。对于中枢神经系统疾病的患者禁用，以免引起严重的不良反应。

4.米诺环素

米诺环素也适用于多种细菌感染所致的口腔炎症，包括牙龈炎、牙周炎等。其通过干扰细菌蛋白质合成来发挥杀菌效果。对本品有过敏史者禁用；妊娠期及哺乳期妇女禁用。

5.奥硝唑

奥硝唑对厌氧菌感染引起的牙龈炎、牙周炎有治疗作用。它是一种广谱抗微生物药物，能够有效地杀灭多种厌氧菌。建议饭后服用以减少胃肠道不适的发生概率；服药期间不宜驾驶车辆或操作机器。

针对牙龈萎缩和牙齿酸痛的症状，除以上提及的药物外，还可以遵医嘱使用复方氯己定含漱液缓解不适。此外，患者平时还要保持良好的口腔卫生习惯，定期到医院进行口腔检查和清洁。