三岁男宝眼皮里面长疙瘩可能是麦粒肿、脂肪粒、皮脂腺囊肿等原因导致的，需要针对不同病因进行针对性处理。

1. 麦粒肿：由于细菌感染睫毛毛囊及其周围腺体所引发的一种化脓性炎症病变，典型症状包括眼睑红肿、疼痛以及可触及的硬结。患者可在医生指导下使用抗生素药膏如红霉素眼膏、金霉素眼膏等局部抗感染治疗。

2. 脂肪粒：主要是指眼睛周围的皮肤在日常生活中没有得到很好的护理，从而导致油脂无法正常排出，在皮肤表层形成了白色颗粒状物质。

可通过针挑的方式将脂肪粒剔除。

3. 皮脂腺囊肿：是皮脂腺排泄管阻塞后形成的潴留性囊肿，好发于头面部及背部，也可发生在眼睑内侧。对于体积较小的皮脂腺囊肿，一般无需特殊处理，定期复查即可。若囊肿较大或有感染迹象则需手术切除。

如果疙瘩持续存在或伴有其他症状，应尽快就医以便获得准确诊断和适当治疗。

此外，还应注意是否存在过敏反应引起的皮疹或其他疾病，如糖尿病患者的高血糖状态可能导致眼皮出现异常变化。因此，建议密切关注孩子的病情发展，并及时带孩子到医院就诊。

家长平时要注意观察孩子的眼部状况，特别是发现异常时要及时带孩子去医院做进一步检查，以排除其他潜在的问题。同时还要注意保持良好的卫生习惯，避免接触可能引起眼部刺激的物质。