严重消化不良可以考虑使用多潘立酮、莫沙必利、西沙必利、甲氧氯普胺、山莨菪碱等药物进行治疗。由于消化不良症状可能由多种原因引起，建议在使用药物前就医以确定具体原因并获得适当治疗。
1.多潘立酮
多潘立酮适用于治疗由胃排空延迟引起的消化不良。该药物能增加食道下部括约肌张力和蠕动，从而改善功能性消化不良患者的临床症状。
建议患者餐前服用以减少食物影响，长期使用时需监测潜在的心律失常风险。
2.莫沙必利
莫沙必利可缓解由慢性浅表性胃炎导致的腹胀、恶心等症状。此药物能够选择性地促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠动力。服药后可能会出现口干、皮疹等副作用，通常停药后会自行消失。
3.西沙必利
西沙必利对于因幽门螺杆菌感染引起的消化不良有较好的效果。本品具有调节胃肠运动节律的作用，有助于缓解由幽门螺菌感染所致的上腹部不适感。对本品过敏者禁用。另外，孕妇及哺乳期妇女应慎用。
4.甲氧氯普胺
甲氧氯普胺可用于呕吐症状严重的消化不良患者。其中枢镇吐作用较强，同时具有促进胃排空的功效。不宜与抗抑郁药、抗精神病药合用，以免加重锥体外系反应。
5.山莨菪碱
山莨菪碱用于缓解急性胃肠痉挛引起的疼痛。本品为M胆碱受体阻滞剂，能解除乙酰胆碱由于迷走神经反射而引起的平滑肌痉挛。青光眼、前列腺肥大合并排尿困难患者禁用。
针对严重消化不良的症状，患者可在医生指导下口服复方消化酶胶囊进行调理，也可以遵医嘱应用双歧杆菌三联活菌胶囊、枯草杆菌二联活菌颗粒等益生菌制剂来调整肠道微生态环境，进而辅助减轻不适症状。
