做完肛瘘手术膀胱麻痛可能是术后局部麻醉药物未代谢完成或者并发泌尿系统感染所致。

局部麻醉药效未完全消除时，会导致膀胱受到刺激而出现疼痛症状。如果在做肛瘘手术的过程中，使用了利多卡因等局麻药物，这些药物会随着血液流动到达全身各处，包括膀胱，从而引起膀胱麻痛的情况发生。此外，肛瘘手术属于有创操作，容易引发细菌滋生，诱发炎症反应，进而产生尿路刺激征象，表现为尿频、尿急及排尿困难等不适症状。

若患者还伴有发热、腰痛等症状，则可能为术后并发泌尿系感染。此时应考虑是否需要抗生素治疗，以防止病情进一步恶化。

术后患者应注意观察自身症状变化，以免忽视膀胱受损引起的不适感。同时，术后患者应避免摄入过于辛辣的食物，如辣椒、芥末等，以免加重膀胱不适。