割包皮第三周小便刺痛痒可能是术后感染引起的。

割包皮手术是一种有创性操作，在术中会破坏包皮周围的黏膜组织，造成一定的创伤面，如果术后未做好伤口护理工作，可能会引起细菌感染，导致伤口愈合不良，从而引发上述不适症状。建议患者到医院就诊，完善相关检查以明确诊断，并接受适当的治疗。

除了术后感染外，还应考虑是否存在尿道口狭窄、尿路结石等其他可能原因。针对尿道口狭窄，可通过尿流率测定或膀胱镜检来确定；而尿路结石则需行超声波成像或CT扫描加以区分。

在割包皮后，患者应注意个人卫生，保持局部干燥清洁，避免过度清洗或使用刺激性强的洗液，以免影响伤口愈合。同时还要调整饮食结构，尽量不吃辛辣刺激性的食物，也不可饮酒吸烟，以免加重不适感。