先天性肛门闭锁的手术费用因个体差异而异，通常在5000元至20000元之间。具体费用取决于肛门闭锁的复杂程度。

先天性肛门闭锁是一种罕见的消化道畸形，由于直肠末端未形成正常的肛门通道，导致排泄障碍。该疾病需通过手术治疗，以建立一个可以正常排出肠道气体和固体物质的开口。如果

患者的病情较为简单，没有其他并发症，那么手术费用相对较低。若患者有严重的并发症或合并症，如巨结肠或尿路梗阻，则会导致手术难度增加，从而提高手术费用。

在考虑先天性肛门闭锁的手术费用时，应关注是否为自费项目以及是否存在医保报销政策。建议咨询当地医疗机构或社保部门了解具体情况。