三个月宝宝便秘严重时，可以轻柔地顺时针按摩腹部、使用温水浴促进排便、添加益生菌制剂调节肠道微生态。

顺时针按摩腹部有助于促进肠道气体运动和消化液分泌，改善胃肠动力，从而缓解便秘。使用温水浴可以使局部毛细血管扩张，促进血液循环，有利于代谢废物的排出，进而减轻便秘症状。益生菌制剂中的有益微生物可以帮助恢复肠道菌群平衡，提高机体免疫力，对促进消化吸收及维护身体健康具有积极作用。

如果上述措施无效或伴随呕吐、腹泻等症状，则需考虑先天性巨结肠等器质性疾病引起的便秘。

此时需要及时就医以明确诊断，并接受相应治疗，以免延误病情。

在处理三个月宝宝便秘问题时，应避免盲目使用泻药以防依赖性和肠道功能减退。同时注意观察宝宝的精神状态和体重增长情况，以便及时发现并处理潜在的问题。