复杂性肛瘘一般不能根除。

复杂性肛瘘是肛周脓肿破溃后形成的管道样通道，其内有坏死脱落的上皮、脓液等，这些物质会持续刺激肛门周围的皮肤和黏膜，导致新的感染发生，从而形成新的肛瘘，如此循环往复，使得该疾病难以根除。此外，复杂性肛瘘还可能伴随多种并发症，如肛门湿疹、贫血等，进一步增加治愈难度。

由于个体差异的存在，少数患者在经过规范治疗后，可能会出现意外的好转或恢复，但这种情况较为罕见。

治疗复杂性肛瘘需谨慎选择手术方式，避免术后复发，并注意保持局部清洁干燥，以减少不适症状的发生。