包皮手术后小便经过尿道刺痛可能是术后伤口愈合不良引起的。

由于术后伤口未完全愈合，此时进行排尿会导致尿液与伤口接触而产生刺激性疼痛。这属于正常现象，通常随着伤口逐渐愈合会自行缓解。

此外，如果患者存在尿路感染或并发龟头炎等疾病时，也可能出现上述症状。这些都可能导致局部炎症反应增加，从而加剧排尿时的不适感。

术后患者应注意保持阴茎部位清洁干燥，并按医嘱服用抗生素以预防感染。若疼痛持续不缓解或者伴有其他异常表现，则应及时复诊以便获得适当的治疗。