妇科肛门指检一般不会有危害。
妇科肛门指检是通过专业医生的手指对患者的肛门及周围区域进行触摸检查的一种常规诊断手段，旨在协助诊断相关疾病。该检查手法温和且不会导致额外损伤，因此风险较低。在执行过程中如有不适或发现异常应及时向医护人员反馈。
如果患者存在痔疮、肛裂等肛周病变时，在指检过程中可能会引起疼痛加剧或出血等情况发生。另外，若未做好消毒工作也可能导致交叉感染的风险增加。
妇科肛门指检应在有经验的专业人员指导下进行，并告知患者可能出现的轻微不适感以减轻其紧张情绪。此外，应确保使用无菌操作技术以减少感染风险。
