软镜碎石后通常不会导致肾萎缩。

软镜碎石是利用特殊的软性内窥镜进行的微创手术，可以直接观察到结石的位置并将其粉碎成小颗粒以便排出体外。此过程中并不会对肾脏结构造成永久性的物理压迫或损伤，因此不会导致肾萎缩。

如果患者存在慢性肾病、尿路梗阻等疾病，可能增加肾萎缩的风险。这些因素可能导致肾功能逐渐减退，进而影响肾脏的生长发育。

软镜碎石是一种较为安全有效的治疗方式，但术后仍需定期复查以监测肾脏状况。同时，注意保持良好的生活习惯，避免过度劳累和摄入过多盐分，有助于保护肾脏健康。