南京地区有多家优秀的肛肠医院，以下是南京好的肛肠医院排行榜，主要基于医疗水平、专业特色、患者口碑及医院综合实力等因素综合评选而出：
1、南京医科大学第一附属医院
作为江苏省政府重点学科和临床重点专科，该科室拥有强大的医疗团队和先进的医疗设备。科室人才结构合理，学历层次高，能够专业诊治各类常见及复杂的肛肠疾病，具有较高的知名度和影响力。
2、南京鼓楼医院
该科室是国家重点学科和首批国家临床重点专科，同时也是江苏省医学重点学科和临床重点专科。科室在肛肠疾病的诊治方面具有丰富的经验和先进的技术手段，能够运用中西医结合的方法为患者提供个性化的治疗方案。
3、东南大学附属中大医院
该科室擅长运用中西医结合的方法治疗肛肠疾病，术后镇痛技术处于国内同行业领先水平。科室医生具有丰富的临床经验和先进的技术手段，能够为患者提供优质的医疗服务，深受患者好评。
4、南京市中医院
作为全国中医肛肠专科医疗中心和国家卫健委重点临床专科，该中心拥有高水平的医疗团队和先进的医疗设备。科室在中医肛肠疾病的诊治方面具有较高的造诣，擅长治疗各类肛肠疾病，包括排便障碍性疾病、结直肠肿瘤等。
5、江苏省中西医结合医院
江苏省中西医结合医院和江苏省中医药研究院的特色科室，拥有丰富的中西医结合治疗经验。科室在痔病、肛周脓肿、肛瘘等肛肠疾病的诊治方面具有较高的水平，能够为患者提供个性化的治疗方案。