肺部结核术后三个月疼痛可能是继发性感染、胸膜炎、胸腔积液等并发症所致，也可能存在复发风险。

肺部结核是由结核分枝杆菌感染引起的一种慢性传染病，通常需要长期治疗。术后三个月出现疼痛可能是因为结核病灶未完全清除或者治疗过程中出现了耐药菌株。此时，患者应及时复诊，进行相关检查如痰涂片镜检、胸部X线或CT扫描等，以便及时发现并处理潜在的问题。

如果患者在术后还伴随有咳嗽、咳痰等症状，则不排除是由于继发性感染引起的，如细菌性肺炎、真菌性肺炎等。这些疾病可能会导致呼吸道黏膜损伤，进而引发疼痛症状。

针对肺部结节术后的疼痛管理，建议患者避免剧烈运动，以免加重呼吸系统的负担。同时，应定期复查以监测病情变化，如有不适需及时就医。