肛门鼓起肉包且伴随疼痛可能由多种疾病引起，包括痔、肛周脓肿、直肠脱垂等。

上述提及的疾病都可能导致肛门区域的组织异常隆起，并引发疼痛。例如，痔是由于肛门静脉曲张所致，当其发生血栓形成时会感到疼痛；肛周脓肿则是因为感染导致的化脓性疾病，通常会有红肿、热痛及波动感等特点；而直肠脱垂是指直肠壁的一部分或全层向下移位，患者可能会感觉到肛门有异物脱出，并伴随疼痛、坠胀感等症状。

针对不同的病因，治疗方法也有所不同，因此建议及时就医以便获得准确诊断和适当治疗。

还应考虑是否存在结核性溃疡、癌变等情况，需进一步完善相关检查以确定具体原因。

在诊断明确前，应避免食用辛辣刺激性食物，保持肛门清洁干燥，以免加重不适症状。同时，定期复查以监测病情变化也是非常必要的。