怀孕40天时做B超看不到孕囊且伴随出血，可能是生化妊娠或异位妊娠引起的。
受精卵未成功着床或者已经自然淘汰，会导致体内激素水平下降，进而引起撤退性出血，表现为上述症状。而异位妊娠是指受精卵在子宫腔外着床发育，当发生破裂时会引起急性盆腔内出血，从而导致阴道出血的现象。针对这两种情况，需要紧急处理，建议患者立即前往医院就诊，以便获得专业的评估和治疗。
如果孕妇存在黄体功能不足、甲状腺功能减退等内分泌紊乱疾病，也可能影响胚胎正常发育，导致无法看到孕囊。
此外，若孕妇有宫颈炎、宫颈息肉等妇科炎症性疾病，由于局部充血水肿，也可能会出现少量阴道出血的症状。
孕期要注意观察身体变化，定期复查以监测胎儿健康状况。同时还要注意休息，避免剧烈运动以及过度劳累，以免加重不适症状。
