慢性肾盂肾炎引起骨头疼可能是由肾小管功能障碍、代谢性酸中毒、肾性骨营养不良、肾性贫血、肾性骨软化症等病因所致，治疗需针对具体病因进行。患者应尽快就医以便获得适当的治疗。

1.肾小管功能障碍

由于慢性肾盂肾炎引起肾脏损伤和炎症反应，导致肾小管对钙、磷等离子体的重吸收能力下降，进而影响骨骼健康。通过口服磷酸盐补充剂来纠正低血磷现象。

2.代谢性酸中毒

慢性肾盂肾炎患者存在肾小球滤过率降低，无法有效清除体内产生的酸性代谢产物，从而导致血液中碳酸氢根浓度减少，引起酸碱平衡失调。补液疗法可以增加尿量并促进酸性物质排出。

3.肾性骨营养不良

慢性肾盂肾炎会引起肾脏功能减退，导致钙、磷等矿物质代谢异常，进而影响骨质形成和矿化过程。维生素D制剂可改善肠道钙吸收，促进骨质增强。

4.肾性贫血

慢性肾盂肾炎会导致红细胞生成素缺乏以及铁利用障碍，引起贫血的发生。铁剂如蔗糖铁注射液可用于纠正缺铁状态。

5.肾性骨软化症

慢性肾盂肾炎伴随的肾功能不全会影响钙、磷等矿物质的代谢，造成骨密度下降和易骨折。双膦酸盐类药物如阿仑膦酸钠片能抑制破骨细胞活性，延缓骨质流失。

建议定期进行肾功能检测和电解质分析，以监测病情变化。饮食方面应控制高磷食物摄入，例如加工肉类和某些奶制品，以减轻肾脏负担。