做完肛瘘手术后尿尿会痛。

由于肛瘘手术过程中需要切开或者搔刮肛门周围的皮肤及软组织，以达到根治的目的，因此会导致局部出现开放性的伤口，当尿液经过该处时就会刺激到受损的黏膜，进而引发疼痛的情况。

如果患者在术后发现排尿困难、尿线变细或伴有血尿等情况，则需警惕是否出现了并发症，如尿道损伤等。此时应立即就医以便及时处理。

术后患者应注意保持伤口清洁干燥，避免感染，并按医嘱服用止痛药物减轻排尿时的不适感。同时还要观察是否有发热、异常排泄物等症状，以便及时发现并处理可能存在的并发症。