闭经引起的头疼可能是由下丘脑功能紊乱、垂体前叶功能减退、多囊卵巢综合征、甲状腺功能减退、肾上腺皮质功能不全等病因引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。

1.下丘脑功能紊乱

下丘脑功能紊乱可能导致激素分泌失调，进而影响月经周期和头痛的发生。下丘脑是调节多种内分泌轴的重要中枢，其功能异常可能导致促性腺激素释放激素分泌减少，从而引起闭经。针对下丘脑功能紊乱导致的闭经，可以考虑使用促性腺激素释放激素类似物进行治疗，如亮丙瑞林、曲普瑞林等。

2.垂体前叶功能减退

垂体前叶功能减退时，体内各种激素水平下降，包括雌激素和孕酮，这会导致子宫内膜不能正常增生和脱落，从而出现闭经现象。同时，缺乏这些激素会影响神经递质的平衡，引起头痛发作。补充人绒毛膜促性腺激素和孕酮是常用的治疗方法，如黄体酮胶囊、地屈孕酮片等。

3.多囊卵巢综合征

多囊卵巢综合征是一种复杂的生殖内分泌代谢性疾病，以雄激素升高、持续无排卵、卵巢多囊样改变等为特征，表现为多毛、痤疮、月经不规律、不孕等。由于雄激素水平过高，导致卵泡发育障碍，无法形成优势卵泡并排出，进而引起闭经。患者可以在医生指导下服用炔雌醇环丙孕酮片、醋酸甲羟孕酮片等药物来改善高雄激素血症，促进排卵。

4.甲状腺功能减退

甲状腺功能减退时，甲状腺激素合成不足，反馈性抑制下丘脑TRH的分泌，使FSH和LH的分泌也受到抑制，导致闭经。此外，甲状腺功能减退还会引起身体新陈代谢率降低，导致体重增加和水肿，这些因素都可能诱发头痛。补充外源性甲状腺素是主要的治疗方法，常用药有左甲状腺素钠片、甲状腺片等。

5.肾上腺皮质功能不全

肾上腺皮质功能不全可导致糖皮质激素和盐皮质激素水平低下，间接影响下丘脑-垂体-卵巢轴的功能，进而干扰正常的月经周期。当机体处于应激状态时，肾上腺皮质激素有助于维持血压和血糖稳定，但长期缺乏则可能导致血压下降和血糖波动，引起头痛。原发性肾上腺皮质功能不全通常需要长期口服氢化可的松或泼尼松等皮质类固醇替代治疗；而继发性者需针对原发病进行处理，如库欣综合征患者需行双侧肾上腺切除术。

建议关注睡眠质量，保持充足休息，避免过度疲劳，以减少头痛发作的风险。必要时，可以通过超声波检查、磁共振成像以及血液检测来评估闭经的原因。