经期小便时肚子刺痛可能是由于子宫内膜异位症引起的。

子宫内膜异位症是一种常见的妇科疾病，其发生与遗传、免疫功能异常等因素有关。当子宫内膜细胞种植在盆腔或膀胱区域时，会引起这些部位的炎症和肿胀，从而导致排尿时感到肚子刺痛。对于这种情况，需要及时就医以便获得专业的治疗和管理。

此外，还应考虑是否存在泌尿系统感染的可能性，因为经期免疫力下降可能增加感染风险。

总之，在经期出现任何不适症状都应及时就医，以排除潜在的健康问题，并接受适当的治疗。建议女性平时注意个人卫生，避免过度劳累，保持心情愉悦，以减少经期不适的发生。