新生儿淋球菌结膜炎通常不会引起疼痛。

此疾病主要累及结膜组织，而结膜没有丰富的感觉神经分布，因此一般不伴有明显的疼痛症状。但该疾病具有传染性，可通过直接接触传播，所以需注意隔离和消毒措施。

新生儿淋球菌结膜炎还可能出现角膜溃疡、穿孔等严重并发症，此时可能会有轻微的眼部不适感，如眼睑肿胀或轻微疼痛。

在诊断新生儿淋球菌结膜炎时，应考虑使用敏感抗生素治疗，并密切监测病情进展以防并发症的发生。同时，应注意保持患儿眼部卫生，避免交叉感染。