肛瘘手术后长期有脓液可能是术后复发、伤口感染等原因引起的。

肛瘘手术是治疗肛瘘的一种方法，但并不能彻底治愈病情，如果术后护理不当或者存在其他并发症，可能会导致病情复发，此时就会出现长期有脓液的情况。此外，如果术后伤口处理不当，如感染，则会导致伤口处出现炎症反应，炎症刺激下会引发化脓，进而表现为长期有脓液的现象。

患者还可能出现疼痛、发热等症状，需及时就医评估是否需要再次手术或抗生素治疗。

术后患者应定期复查以监测病情变化，保持局部清洁干燥，避免便秘和过度用力排便，并遵循医嘱调整饮食习惯。