巧囊不会影响怀孕。

巧囊通常是指巧克力囊肿，是良性疾病，一般不会影响生殖系统的正常解剖结构和生理功能，因此也不会妨碍精子与卵子结合以及胚胎着床等过程。

如果巧囊体积较大或存在严重的盆腔粘连等情况，则可能会影响输卵管通畅度，进而导致不孕不育的发生。

对于巧囊患者，建议定期进行妇科检查以监测病情变化，并在计划怀孕前咨询专业医生的意见，确保身体健康状态适合生育。