怀孕39周小便刺痛可能是尿路感染引起的。

怀孕期间，增大的子宫压迫膀胱，会导致排尿不畅，增加尿液滞留的风险，从而有利于细菌滋生，引起尿路感染。此外，孕期雌激素水平升高会改变阴道内环境，降低阴道防御功能，增加细菌入侵尿道的机会，也是尿路感染的高危因素。

如果孕妇出现尿频、尿急、尿痛等症状，并伴有腰痛或发热，则可能为急性肾盂肾炎，需及时就医诊治。

在怀孕期间，应注意保持个人卫生，避免长时间憋尿，多饮水促进排尿，以减少尿路感染的发生风险。若症状持续或加重，应及时就医，遵医嘱使用阿莫西林胶囊、头孢克肟颗粒等抗生素治疗。