神经梅毒的治疗中，水剂青霉素和头孢类抗生素的选用需考虑药物类型、抗菌活性、耐药性、治疗效果及副作用差异。

1.药物类型

水剂青霉素属于β-内酰胺类抗生素，通过破坏细菌细胞壁发挥作用；头孢菌素也属于β-内酰胺类抗生素，但其作用机制略有差异。因此，在抗菌活性方面存在一定的差异。

2.抗菌活性

水剂青霉素对多种革兰氏阳性及阴性菌有杀菌作用，而头孢菌素除了对革兰氏阳性菌具有较强的抗菌作用外，还对革兰氏阴性菌有一定的抗菌作用。

3.耐药性

长期使用或不当使用水剂青霉素可能导致细菌产生耐药性；相比之下，头孢菌素的耐药发生率相对较低。

4.治疗效果

水剂青霉素是治疗早期神经梅毒的优选药物，能够快速有效地控制病情发展；头孢菌素则主要用于治疗革兰氏阴性菌感染，对于神经梅毒的治疗效果相对较弱。

5.副作用

水剂青霉素可能引起过敏反应，需密切监测；头孢菌素的副作用相对较少，且通常较轻微。

在使用水剂青霉素和头孢菌素治疗神经梅毒时，应严格遵循医嘱，并定期进行血液学检查以评估治疗效果和药物毒性。