40天的宝宝咳嗽可能是感染性肺炎、支气管炎、哮喘、先天性肺部发育不全或先天性心脏病引起的，这些疾病都可能导致婴儿出现呼吸系统问题。由于婴儿年龄较小，免疫系统发育不完善，容易受到感染，因此建议立即就医以获得专业评估和治疗。

1.感染性肺炎

由于病原体侵入呼吸道引起的炎症反应，导致局部充血、水肿和分泌物增多，从而引起咳嗽。抗生素治疗是主要手段，如阿莫西林克拉维酸钾、头孢克肟等药物可以有效抑制细菌生长。

2.支气管炎

支气管炎是由病毒、细菌或其他因素引起的下呼吸道感染性疾病，可导致气道黏膜充血、水肿和分泌物增加，进而出现咳嗽的症状。

针对细菌感染时，可使用阿奇霉素干混悬剂进行抗感染治疗；病毒感染则需遵医嘱服用利巴韦林颗粒改善病情。

3.哮喘

哮喘是一种慢性气道炎症疾病，由于遗传因素和环境因素共同作用导致气道高反应性和痉挛，引起咳嗽、喘息等症状。对于哮喘患者，医生可能会开具吸入性糖皮质激素以减轻气道炎症，例如布地奈德吸入粉雾剂。

4.先天性肺部发育不全

先天性肺部发育不全是胎儿期肺部发育异常所致，可能导致呼吸功能受限，引起咳嗽、呼吸困难等症状。轻度病例可能不需要特殊处理，重度者需要考虑肺叶切除术来缓解症状。

5.先天性心脏病

先天性心脏病指心脏结构在出生前未完全发育或形成异常，影响血液流动，此时会引起肺循环阻力增高，从而诱发咳嗽的现象发生。如果确诊为复杂先心病，则通常需要开胸手术进行治疗，比如姑息性手术、治疗性手术等。

建议密切观察患儿病情变化，定期复查胸部X线片或CT扫描。同时，保持室内空气流通，避免接触已知过敏原，以减少呼吸道刺激。