三个月婴儿难入睡易醒可能是睡眠障碍、维生素D缺乏性佝偻病、肠绞痛、饥饿、过度疲劳等原因导致的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，以便获得适当的诊断和治疗。

1.睡眠障碍

由于中枢神经系统发育不完善、大脑皮层兴奋性较高导致难以进入深度睡眠状态。可遵医嘱使用苯巴比妥等镇静催眠药进行治疗。

2.维生素D缺乏性佝偻病

维生素D摄入不足或日晒不足引起钙磷吸收不良，骨骼生长异常，导致神经兴奋性增高，影响睡眠质量。补充维生素D和钙剂是主要治疗方法，如遵医嘱口服维生素AD滴丸、葡萄糖酸钙口服溶液等。

3.肠绞痛

由于肠道蠕动过快或肠道功能紊乱引起的腹部不适，可能导致夜间疼痛加剧而影响睡眠。轻柔按摩腹部或给予温热敷布可能有助于缓解症状。对于持续且频繁发作的绞痛，可在医师指导下使用颠茄片、阿托品等药物来缓解平滑肌痉挛。

4.饥饿

饥饿会导致血糖水平下降，进而刺激食欲中枢产生进食欲望，使宝宝难以安静下来入睡。可通过按时喂养的方式解决，通常建议每3-4小时喂一次奶。

5.过度疲劳

如果宝宝白天活动量较大或者玩耍时间较长，则容易出现过度疲劳的情况发生，从而影响到夜晚的正常休息。

针对这种情况，家长应注意调整宝宝的日间作息时间，使其保持充足的睡眠时间。

此外，建议定期带孩子进行健康体检，包括生长发育评估和微量元素检测，以早期发现并处理相关问题。