三个月宝宝拉大便困难可能由多种因素导致，如饮食不当、先天性巨结肠等。

饮食不当可能导致宝宝摄入的食物纤维不足，缺乏足够的刺激来促进肠道蠕动，进而引发便秘。而先天性巨结肠是一种遗传性疾病，由于神经节细胞数量减少或缺如，导致部分肠段肌间神经丛发育异常，使这部分肠管处于一种持续痉挛状态，当食物残渣到达该处时就会被过度地挤压和滞留，形成近端肠腔明显扩张及继发性巨结肠的病理改变，进而影响排便功能。对于这种情况，家长需要及时带孩子到医院就诊，以便明确诊断并接受适当治疗。

如果宝宝存在先天性巨结肠，此时可能会出现顽固性便秘、腹胀以及呕吐等症状。这是因为巨结肠段内缺乏神经节细胞，无法正常控制肠壁肌肉的收缩活动，从而导致大量积存的气体和固体物质难以通过。

在处理三个月宝宝拉大便困难的问题时，应避免使用过硬或过细的婴儿专用纸尿裤，以免摩擦加重皮肤损伤。同时，家长还应注意观察宝宝是否有其他不适症状，并采取适当的措施缓解其不适感。