川崎病容易与感染性疾病、风湿免疫性疾病、心脏疾病、血液疾病等混淆，建议患者出现川崎病时，及时去医院就诊，明确诊断后在医生指导下进行对症治疗。
1、感染性疾病：川崎病与感染性疾病的区别在于，川崎病以全身性炎症反应为主，感染性疾病的全身症状更明显，而且川崎病的皮疹不具有特异性，而且会出现多发，后期可以出现冠状动脉损伤，而感染性疾病有经验的医生可以通过体格检查、血常规检查、心电图检查、超声心动图检查等进行鉴别;
2、风湿免疫性疾病：川崎病的典型症状为5天以上出现皮疹，而风湿免疫性疾病常出现在反复发热后一周左右，还会出现脱屑、结膜充血、杨梅舌等，所以川崎病容易与风湿免疫性疾病混淆;
3、心脏疾病：川崎病的冠状动脉损伤，多呈节段性，非对称性，基本不会出现冠状动脉扩张，而风湿免疫性疾病的患者，如果病情反复出现，常呈慢性病程，会出现心脏的慢性损害，而川崎病患者的冠状动脉病变呈对称性，所以川崎病容易与心脏疾病混淆;
4、血液疾病：川崎病的患者可以出现血小板减少，而风湿免疫性疾病患者的血小板一般为正常或升高，这两种疾病都可以出现血小板减少，而且血小板减少的持续时间也不同，川崎病患者的血小板可出现增高，而风湿免疫性疾病患者的血小板一般呈现正常水平。
川崎病与感染性疾病的区别较为明显，这两种疾病都可能出现发热、全身性炎症反应，但川崎病的炎性反应更明显，而且以多脏器损伤为主，而风湿免疫性疾病的炎性反应程度相对更重。