嘴巴咬肌两侧隐隐作痛可能是颞下颌关节紊乱综合征、三叉神经痛导致的，需要及时就医进行针对性治疗。

颞下颌关节紊乱综合征是由于长期咬合不良、精神紧张等原因引起的，会导致咬肌持续收缩，进而引发疼痛。三叉神经痛是由三叉神经受到压迫或刺激所致，当三叉神经分布区域受到炎症刺激时，会引起面部肌肉痉挛性收缩，导致咬肌疼痛。上述两种疾病均需在医生指导下使用非甾体抗炎药如布洛芬缓释胶囊、双氯芬酸钠肠溶片缓解疼痛，必要时可通过注射肉毒素A阻断神经传导来减轻肌肉活动。

此外，还应考虑牙齿矫正过程中使用的固定装置是否调整不当引起局部不适，或者是感染性疾病如牙周炎等引起的咀嚼肌反应。

针对这些不同原因，治疗方法也有所不同，因此建议患者及时就医以确定具体原因并接受相应治疗。

日常生活中，患者应注意避免过度使用咬肌，同时注意口腔卫生，减少食用硬质食物，以免加重咬肌负担。