二价HPV疫苗第二针打完肿痛，有可能是药物不良反应、过敏导致，也可能是由于注射部位感染导致，建议及时就医进行检查，并进行相应的处理。

1、药物不良反应：二价HPV疫苗是用来预防HPV16、18这两个亚型病毒感染的疫苗，能够预防70%左右的宫颈癌，一般需要接种三针。第一针注射完毕后，部分人群可能会出现药物不良反应，比如注射部位疼痛、肿胀、头晕等不适，多考虑和自身对疫苗成分过敏有关。如果只是轻微的肿痛，一般无需特殊处理，可自行缓解，但是要注意局部卫生，防止出现感染;

2、过敏：注射二价HPV疫苗第二针时，如果对疫苗成分过敏，也可能会引起过敏反应，造成注射部位的肿胀、疼痛、皮疹等不适。建议及时就医进行检查，判断是否存在过敏现象。如果是过敏引起，应及时停止注射疫苗，遵医嘱应用氯雷他定片等抗过敏的药物进行治疗;

3、注射部位感染：在注射二价HPV疫苗后，如果不注意局部卫生，导致注射部位感染时，也可能会造成注射部位的红肿、疼痛。建议遵医嘱用碘伏消毒，并涂抹莫匹罗星软膏进行治疗，有助于控制感染，促进恢复;

4、其他因素：比如排卵期、经期等特殊时期女性，容易出现抵抗力下降的情况，在此期间如果进行剧烈运动或者发生性生活，可能会出现感染的情况，导致第二针打完肿痛。建议注意休息，避免剧烈运动和过度劳累，暂时不要进行性生活。