新生儿肛门闭锁手术后可能会留下疤痕。

肛门闭锁手术需要通过切开肛门周围皮肤来建立肠道通道，因此会产生创伤面，愈合时会出现炎症反应，导致组织修复和纤维化，进而形成疤痕。虽然手术后会有一定的伤口愈合过程，但随着机体的自然修复，疤痕通常会逐渐减少，但在某些情况下，如感染或个体差异可能导致疤痕增生。

如果术后出现感染、血液循环障碍等情况，可能会影响伤口愈合，增加疤痕形成的概率。

在新生儿肛门闭锁术后，家长应注意观察宝宝的排便情况以及伤口愈合情况，定期复查以确保顺利康复，并减少疤痕形成的风险。