肛瘘术后伤口痛通常是因为肛门括约肌受到损伤，导致肌肉收缩时产生疼痛感。

肛瘘多由肛管或直肠下端的脓肿引起，脓肿破溃后形成管道，其中一端为内口，另一端为外口。而内口多在齿状线附近，此处神经分布丰富且较为密集，因此当患者进行排便动作时，会刺激到受损的括约肌，从而引发疼痛。

此外，如果患者还伴有发热、局部红肿等症状，则可能是术后感染引起的，需及时就医处理。

术后患者应避免剧烈运动，以免加重不适症状，影响病情恢复。