肛瘘换药疼痛是因为肛瘘的存在导致异常通道的刺激以及炎症反应引起的。

肛瘘是由肛管或直肠与肛门周围皮肤之间的异常通道形成的，其中可能存在炎性脓肿或者窦道等病变结构。在进行换药操作时，会对这些异常通道造成一定的摩擦和压迫，进而引发局部的炎症反应和神经反射性疼痛。此外，肛瘘患者的肛门括约肌可能会因为长期的炎症刺激而出现痉挛和收缩，这也可能是导致换药时疼痛加剧的因素之一。

如果患者还伴有发热、乏力等症状，则需考虑感染加重引起全身不适所致。另外，若换药过程中发现有新形成的小脓肿，则可能需要进一步处理以减轻疼痛。

因此，在治疗肛瘘的过程中，应尽量减少异常通道的刺激，并注意保持肛门周围的清洁卫生，避免使用过于刺激性的药物或物品接触患处，以减轻换药时的不适感。