肛瘘术后疤痕不舒服可能是术后并发症，如感染、出血等未及时处理导致的。
肛瘘术后，由于局部存在伤口，若术后护理不当，可能导致感染发生，炎症因子刺激周围组织，引起不适。此外，如果术后恢复过程中出现出血等情况未能得到妥善处理，也可能导致术后疤痕处持续不适。患者需要及时就医进行检查以确定具体原因，并接受相应治疗。
肛瘘术后疤痕不舒服还可能与术后排便习惯改变引起的便秘或腹泻有关。这会导致肛门区域压力增加，进而加重疤痕处的不适感。
术后患者应注意保持肛门部位清洁干燥，避免局部潮湿，以免诱发感染，影响伤口愈合。