三周宝宝口臭可能是幽门螺杆菌感染、乳糖不耐受、先天性消化道畸形、新生儿鹅口疮、新生儿败血症等疾病因素导致的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，以便获得适当的治疗。

1.幽门螺杆菌感染

幽门螺杆菌可在胃内产生尿素酶，将尿素分解为氨和二氧化碳，其中氨具有刺激性气味，从而引起口臭。根除幽门螺杆菌通常采用联合抗生素方案，如克拉霉素、阿莫西林等，需遵医嘱使用。

2.乳糖不耐受

由于小肠黏膜损伤导致乳糖酶缺乏，无法完全消化奶类中的乳糖，进而出现腹胀、肠鸣音亢进等症状，当气体随着肠道蠕动上行时，可闻及肛门排气增多伴有酸臭味。轻至中度的乳糖不耐受可通过调整饮食，减少含乳制品摄入量来缓解。重度者则需要在医生指导下使用无乳糖配方奶粉进行喂养。

3.先天性消化道畸形

若患儿存在先天性消化道畸形，如唇裂、腭裂等，则可能导致吞咽困难、反流等问题，从而引起口臭。针对先天性消化道畸形，一般采取手术矫正的方式进行处理，例如唇裂修复术、幽门环肌切开术等。

4.新生儿鹅口疮

由白色念珠菌感染引起的口腔黏膜炎症，会导致口腔内出现白色斑膜，伴随轻微疼痛和不适感，进而引起口臭。轻至中度的鹅口疮可通过增加哺乳次数、缩短每次喂奶时间等方式改善；重症患者则需用碳酸氢钠溶液清洁口腔，并在医师指导下使用制霉菌素混悬液进行治疗。

5.新生儿败血症

细菌侵入血液循环并大量繁殖所导致的急性全身感染性疾病，在致病菌产生的毒素作用下，会引起食欲减退、呕吐、腹泻等胃肠功能紊乱的症状，同时也会有厌食、拒奶的情况发生，因此会出现口臭的现象。新生儿败血症的治疗以静脉输注敏感抗生素为主，必要时还需辅以补液、营养支持等对症治疗，常用药物包括青霉素、头孢曲松等。

建议关注婴儿是否有腹部膨隆、排便异常等情况，以排除先天性消化道畸形的可能性。此外，还可以带孩子到医院进行胃镜、大便常规以及血液学检查，进一步明确诊断。