男人小便时阴茎根部刺痛可能由尿道炎、前列腺炎引起。

上述提及的两种疾病均属于生殖系统的炎症反应范畴，当存在炎症时会导致局部敏感度增加，在排尿时会引起阴茎根部的不适感和刺痛症状。患者需要及时就医接受专业诊治，以免病情加重影响生活质量。

如果疼痛持续或伴有发热、尿频等症状，则可能是泌尿系统感染所致。此外，还可能存在膀胱炎、输尿管结石等病因，这些都可能导致男性在小便时出现阴茎根部刺痛的症状。

建议患者平时注意个人卫生，避免过度劳累和压力过大，保持良好的生活习惯和规律作息时间，以减少发生此类状况的风险。