咽喉小囊肿一般不会自行消失。

咽喉小囊肿是发生在咽部的一种良性病变，主要是因为长期刺激、炎症等原因导致黏膜下的腺体堵塞，从而形成潴留性囊肿。该疾病属于一种良性的增生物，不存在自愈的可能性，如果不及时治疗，还可能导致症状加重，甚至引起并发症，如感染、出血等。因此，患者需要定期复查观察囊肿的变化情况，必要时可考虑手术切除。

此外，如果囊肿出现疼痛或影响吞咽，可能表明存在感染或其他并发症，此时通常不能自行消退，需积极处理以防止病情进展。

建议患者在发现咽喉小囊肿后，应避免食用辛辣刺激性食物，减少烟酒摄入，并保持口腔卫生，以减少对疾病的不良影响。