凌晨3点胃疼可能是幽门螺杆菌感染、慢性胃炎、胃溃疡、十二指肠溃疡、功能性消化不良等疾病引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，以便进行针对性治疗。

1.幽门螺杆菌感染

幽门螺杆菌可在胃内产生毒素和促进炎症反应的物质，导致胃黏膜损伤和疼痛。根除幽门螺杆菌通常采用三联疗法或四联疗法，如克拉霉素联合阿莫西林、奥美拉唑等抗生素进行治疗。

2.慢性胃炎

慢性胃炎是由各种刺激因素引起的胃黏膜慢性炎症，可引起上腹部不适、恶心呕吐等症状。

当胃酸分泌过多时，会导致胃部出现烧灼感，从而引起胃痛的情况发生。患者可以在医生指导下使用抑制胃酸药物进行缓解，比如雷贝拉唑钠肠溶片、泮托拉唑钠肠溶胶囊等。

3.胃溃疡

胃溃疡是由于胃黏膜防御功能减弱，受到攻击因子作用超过其耐受限度所造成的损伤，夜间胃酸分泌增多，此时胃黏膜受损处受到刺激而引起疼痛。对于胃溃疡的患者，可以遵医嘱服用抑酸药来改善病情，例如奥美拉唑镁肠溶片、兰索拉唑肠溶片等。

4.十二指肠溃疡

十二指肠溃疡的发生与胃液分泌过多、胃排空障碍等因素有关，在凌晨时分由于食物已经基本被消化完毕，此时胃酸会直接对溃疡面造成腐蚀，进而诱发剧烈腹痛。患者需要及时就医并接受专业治疗，如口服H2受体拮抗剂法莫替丁钙镁咀嚼片、盐酸雷尼替丁胶囊等药物进行治疗。

5.功能性消化不良

功能性消化不良是指存在消化系统症状但无器质性病变的一组临床综合征，可能与胃肠动力障碍、幽门螺杆菌感染、心理社会因素等有关，这些因素可能导致胃肠道运动不协调，继而导致胃痛的症状。针对功能性消化不良，建议调整饮食习惯，减少摄入辛辣、油腻食物，同时注意休息，保持心情愉悦，有助于减轻症状。

建议定期复查以监测病情变化，还可通过碳-13呼气试验检测是否存在幽门螺杆菌感染。日常生活中，应避免暴饮暴食，特别是睡前不要进食过多，以免加重胃部负担。