做完肛瘘手术后大便疼得厉害可能是由于术后伤口未完全愈合或出现感染引起的。

术后伤口未完全愈合：如果术后伤口护理不当，可能导致伤口感染、水肿等问题，进而引发排便时的疼痛。此时需要及时处理伤口感染，促进伤口愈合。

术后感染：如果术中操作不当或者术后个人卫生不佳，可能导致细菌侵入伤口，引发感染。感染会刺激伤口，引起排便时的疼痛。针对术后感染，应遵医嘱使用抗生素治疗，如头孢克肟、阿莫西林等药物。

综上所述，做完肛瘘手术后排便疼痛可能与多种因素有关，建议患者及时复诊以确定具体原因，并接受相应治疗。

若患者在术后存在痔核脱出、肛门狭窄等情况，则可能会导致排便困难，从而加重排便时的疼痛。此外，还可能出现出血等症状。

术后患者应注意保持局部清洁干燥，避免剧烈运动以及进食辛辣刺激性食物，以免影响伤口愈合和身体恢复。