包皮过长有点小疼可能是由包皮炎、龟头炎等疾病因素引起的，需要及时就医进行诊治。

包皮过长时，包皮内板分泌物无法及时清除，易形成包皮垢，刺激龟头黏膜引发炎症。若存在细菌感染，则会导致龟头发红、肿胀及疼痛，从而引起上述不适症状。

此外，如果患者患有阴茎癌，由于肿瘤细胞侵犯周围组织，可能会导致局部出现疼痛的症状。这种情况可能与长期包皮过长、慢性炎症刺激等因素有关。

因此，建议患者定期清洗外生殖器，保持局部清洁干燥，以减少发生炎症的概率。当出现不适症状时，应避免自行使用药物治疗，以免延误病情或加重不适感。